Белорусские ученые продвинулись в понимании того, как бороться с вирусом СПИДа при помощи лекарств. Институт биоорганической химии НАН Беларуси вместе с Объединенным институтом проблем информатики НАН Беларуси провели теоретические исследования так называемой «петли V3», которой вирус «прицепляется» к здоровым клеткам. Вычисления показали, что 2–3 соединения из 12 рассмотренных могут быть эффективны против СПИДа. Моделирование проводилось на российско-белорусском суперкомпьютере «СКИФ», разработанном еще по совместной программе «СКИФ ГРИД».
Моделирование оказалось ресурсоемким. В некоторых теоретических экспериментах обсчитывалось взаимодействие белка оболочки вируса с 17 миллионами известных на сегодняшний день химических соединений. На мощностях грида некоторые задачи требовали месяц счета. Это немало, но на эксперименты в лаборатории ушли бы годы.
Российский университет дружбы народов (РУДН) обзавелся собственным суперкопьютером. Разработана система по соседству, в компании «Т-Платформы», чей офис находится практически через дорогу от РУДН. Суперкомпьютер пока невелик: его пиковой производительность - 3.33 Тфлопс. Он построен на гибридной архитектуре: шасси V5000 оснащено вычислительными узлами V200F2 на базе процессоров Intel Xeon E5-2670 и графических ускорителей NVIDIA Tesla M2090. Инженеры «Т-Платформы» осуществили установку и настройку кластера, а также модернизацию существующей инженерной инфраструктуры университета.
В РУДН ведутся исследования самых разнообразных направлений, но главный заказчик - факультет физико-математических и естественных наук. В числе прочего на новом компьютере будут моделировать графен. Таким образом этот университет надеется стать лидером в области нанотехнологий.
Из российских новостей, связанных с новым списком TOP500, самые громкие, конечно, у группы компаний «РСК». Но и без списков они производят впечатление. Прежде всего обе новые системы, установленные в МСЦ РАН и в ЮУрГУ построены на только что объявленных официально процессорах Intel Xeon Phi (архитектура MIC). Кроме того обе выглядят внушительно в российском контексте: первая развивает 375.7 Тфлопс на Linpack (пиковая 523.8 Тфлопс), вторая - 146.8 Тфлопс (пиковая 236.8 Тфлопс). Обе на базе энергоэффективной архитектуры «РСК Торнадо» с системой водяного охлаждения.
Но и это не все: РСК офицально утверждает, что эта система в МСЦ РАН – прототип 10 Пфлопсного суперкомпьютера, которые будет построен также для Межведомственного Суперкомпьютерного центра. «РСК» обогнала «Т-Платформы» по числу систем в списке TOP500: 3 против единственного «Ломоносова» (он сейчас 26-й в списке). Польша 4, Австралия 7, Канада 11. Россия с 8 системами в ходит в десятку, она на 9-м месте, вслед за Канадой и Индией – и по количеству систем и по доле в производительности. Польша (4), Австралия (7) на этот раз остались позади.
Эта компания будет теперь не просто поставлять со своими суперкопьютерами системы хранения данных, а займется разработкой собственной операционной системой для СХД. Работа будет производиться по государственному контракту - в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы».Технологическим партнером "Т-Платформ" в этом проекте будет российская компания AVRORAID, разработавшая высокоэффективные алгоритмы RAID, которые экономно расходуют вычислительные ресурсы серверов и позволяют быстро восстанавливать данные в случае отказа диска без потери производительности работы дисковой системы. Разрабатываемая операционная система СХД будет работать в кластерном режиме с синхронизацией кэшей данных в оперативной памяти между двумя независимыми серверами. Заявлено, что готовая ОС позволит улучшить соотношение цена/производительность систем хранения данных до двух раз по сравнению с существующими на рынке решениями.
Компания "Т-Платформы" поставила суперкомпьютер в Государственный университет штата Нью-Йорк в городе Стони Брук (State University of New York at Stony Brook, SBU). Система обладает пиковой производительностью 2.5 Тфлопс. Она построена на лезвиях T-Blade V-Class на базе процессоров AMD Opteron 6238. В ней 10 вычислительных узлов и один управляющий. Система работает под управлением CentOS.Несмотря на относительно скромные масштабы компьютера, это явление выдающееся, так как пробиться любым иностранным производителям на рынок США необыкновенно сложно, и до сих пор никому из отечественных производителей суперкомпьютеров это сделать не удавалось. У компании "Т-Платформы" есть статус международной компании и офис в Германии, есть совместные исследовательские работы с крупнейшими европейскими суперкомпьютерными центрами, такими как с германскими центрами Leibnitz Rechenzentrum и Juelich Supercomputer Center, с финским центром CSC. Компания надеется на расширение своего присутствия в США.
Суперкомпьютер, установленный РСК в МФТИ в этом году, будет модернизирован. Его производительность возрастет вдвое. Система будет состоять из двух вычислительных стоек, содержащих в сумме 224 вычислительных узла на базе двух процессоров Intel Xeon E5-2690 каждый (всего 448 процессоров, 3584 ядра). Это позволит достигнуть пиковой производительности 83.14 Тфлопс при занимаемой площади менее чем 4 кв. м. Объем оперативной памяти на один узел достигнет 64 ГБ, что суммарно составляет 14.3 ТБ ОЗУ для всей системы. Суперкомпьютер построен в архитектуре «РСК Торнадо» (линейка «РСК миниЦОД») с жидкостным охлаждением.
Модернизируемая система принадлежит лаборатории I-SCALARE (Intel super computer applications laboratory for advanced research) при Московском физико-техническом институте. Здесь разрабатываются, например, лантибиотики – препараты, которые способны бороться с инфекционными заболеваниями, устойчивыми к традиционным антибиотикам. Новый класс антимикробных соединений конструируется на основе природных антибиотиков. Ученые надеются, что новые препараты не будут терять эффективность из-за появления резистентности у бактерий.
Компании «Т-Платформы» и «КАДФЕМ Си-Ай-Эс» заключили соглашение о сотрудничестве и объявили о первом совместном проекте. Им станет поставка программных пакетов ANSYS в отраслевой центр высокопроизводительных вычислений ОАО «ЦНИИ «Буревестник» для проектирования и инженерного анализа наукоемкой продукции.
Это соответствует перспективному направлению в деятельности компании «Т-Платформы»: она будет поставлять свою технику более «прицельно», предлагая лицензионные пакеты ANSYS и оптимизируя свою технику под конкретные задачи заказчика. Теперь оказывать ему помощь в инженерном консалтинге смогут специалисты «КАДФЕМ Си-Ай-Эс» в рамках сотрудничества с поставщиком оборудования. Отраслевой центр высокопроизводительных вычислений ОАО «ЦНИИ «Буревестник» построен и укомплектован компанией «Т-Платформы».
Прототип системы будет устанавлен в финском суперкомпьютерном центре CSC. В системе будет 256 гибридных вычислительных узлов на базе процессоров Intel с ускорителями NVIDIA Tesla и Intel Xeon Phi, ранее известными как Intel MIC, охлаждаемых горячей водой. Системная сеть - InfiniBand с усовершенствованным программным обеспечением, для улучшения масштабируемости, такие как адаптивная маршрутизация. Эта архитектура, разработанная компанией «Т-Платформы», получила рабоче название T-REX. оздание полнофункционального решения с расчетной пиковой производительностью до 400 Тфлопс планируется завершить в 2013 году. В третьем квартале 2012 года планируется завершить создание первой очереди прототипа, состоящей из меньшего количества гибридных узлов на базе архитектуры V-Class компании «Т-Платформы».
Главная цель проекта - получить площадку для оценки энергоэффективности и управляемости суперкомпьютеров нового поколения, а также для тестирования новых сред программирования. В ходе совместного проекта будет разработано высокомасштабируемое параллельное прикладное ПО, эффективно использующее ускорители с различной архитектурой в составе гибридных вычислительных систем. Прототип системы будет включать новейшие разработки в области конструктива, инфраструктуры охлаждения, интерконнекта и процессорных ускорителей, а также операционных систем и систем управления.
